Россия
В базе данных NCBI найден аннотированный ген цитозольной НАДФ-зависимой изоцитратдегидрогеназыHordeum vulgare. Данный ген локализуется в третьей хромосоме и содержит 15 экзонов и 14 интронов. Полученную после удаления интронов и соединения экзонов последовательность, использовали для подбра Real-timePCRпраймеров. Оптимизация праймеров показала, что оптимальная температура для отжига равна 60°С.Исследование промотора данного гена выявило наличие различных регуляторных элементов, таких как G-бокс, W-бокс, DRE, что свидетельствует о важной роли цИДГ при адаптации растения к стрессу и возможной световой регуляции экспрессии гена фермента. С помощью программы Methprimerв промоторе обнаружен CpG островок, что предполагает возможную эпигенетическую регуляцию экспрессии через метилирование/деметилирование.
изоцитратдегидрогеназа, промотор, цис-элементы, праймеры, ПЦР
1. Галкин А. П. Регуляторные области промоторов генов растений и белки —регуляторы промоторной активности / А. П. Галкин // Биополимеры и клетка. – 2004. – Т. 20. – №. 5. – С. 363.
2. Chen R. D. Chromatographic and immunological evidence that chloroplastic and cytosolic pea (Pisumsativum L.) NADP-isocitrate dehydrogenases are distinct isoenzymes / R.D. Chen et al. // Planta. – 1989. – V. 178. – P. 157-163.
3. Corpas F. J. NADPH-generating dehydrogenases: their role in the mechanism of protection against nitro-oxidative stress induced by adverse environmental conditions / F. J. Corpas, J.B. Barroso // Frontiers in Environmental Science. – 2014. – V. 2. – P. 55.
4. Corpas F. J. Peroxisomal plant metabolism–an update on nitric oxide, Ca2+ and the NADPH recycling network / F. J. Corpas, J. B. Barroso // Journal of Cell Science. – 2018. – V. 131. – №. 2. – P. jcs202978.
5. Hodges M. Higher plant NADP+-dependent isocitrate dehydrogenases, ammonium assimilation and NADPH production / M. Hodges et al. // Plant Physiology and Biochemistry. – 2003. – V. 41. – №. 6-7. – P. 577-585.
6. Igamberdiev A. U. Regulation of NAD-and NADP-dependent isocitrate dehydrogenases by reduction levels of pyridine nucleotides in mitochondria and cytosol of pea leaves / A.U. Igamberdiev, P. Gardeström // Biochimica et BiophysicaActa (BBA)-Bioenergetics.
7. Leterrier M. Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase of pea plants: genomic clone characterization and functional analysis under abiotic stress conditions / M. Leterrier et al. // Free Radical Research. – 2007. – V. 41. – №. 2. – P. 191-199.
8. McKinnon J. D. Dual-Targeting of NADP+ - IsocitrateDehydrogenase : dis. – University of Saskatchewan, 2009.
9. Valderrama R. et al. The dehydrogenase‐mediated recycling of NADPH is a key antioxidant system against salt‐induced oxidative stress in olive plants / R. Valderrama et al. // Plant, Cell & Environment. – 2006. – V. 29. – №. 7. – P. 1449-1459
10. XuX. Structures of human cytosolic NADP-dependent isocitrate dehydrogenase reveal a novel self-regulatory mechanism of activity / X. Xu et al. // Journal of Biological Chemistry. – 2004. – V. 279, №. 32. – P. 33946-33957.
