Россия
В статье анализируется методология in silico моделирования: от молекулярных взаимодействий до промышленных биопроцессов. Рассмотрены классификация методов (квантовая химия, молекулярная динамика, QM/MM), проблемы верификации и валидации моделей, а также перспективные направления развития технологий.
in silico, компьютерное моделирование, молекулярная динамика, квантовая химия, QM/MM, валидация, цифровые двойники, биопроцессинг, системная биология
1. Канисков В.Л. Математическое моделирование, как основа для in silico: конструирование базовых структур, воздействующих на фармакологические мишени сердечно-сосудистой системе // КиберЛенинка. URL: https://cyberleninka.ru/article/n/matematicheskoe-modelirovanie-kak-osnova-dlya-in-silico-konstruirovanie-bazovyh-struktur-vozdeystvuyuschih-na-farmakologicheskie (дата обращения: 22.02.2026).
2. Wittkopp F., Welsh J., Todd R., et al. Current state of implementation of in silico tools in the biopharmaceutical industry–Proceedings of the 5th modeling workshop // Biotechnology and Bioengineering. 2024. Vol. 121, № 9. P. 2952-2973. DOI:https://doi.org/10.1002/bit.28768. URL: https://doi.org/10.1002/bit.28768 (дата обращения: 22.02.2026).
3. Remil Y. A data mining perspective on explainable AIOps with applications to software maintenance: Ph.D. thesis. INSA de Lyon, 2023. URL: https://theses.hal.science/tel-04391281 (дата обращения: 22.02.2026).
4. Xu J., Wiley H.S., Sauro H.M. Generating synthetic signaling networks for in silico modeling studies // Journal of Theoretical Biology. 2024. Vol. 593. Art. 111901. DOI:https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2024.111901. URL: https://searchworks.stanford.edu/articles/cmedm__39004118 (дата обращения: 22.02.2026).
5. Рыбкин В.В. В разных масштабах // Элементы. URL: https://old.elementy.ru/nauchno-populyarnaya_biblioteka/432223/V_raznykh_masshtabakh (дата обращения: 22.02.2026).
6. Pattani N., Sanghera J., Mills E., et al. Use of in silico research in the development of abdominal and thoracic surgical devices: a systematic review // BMJ Innovations. 2025. Vol. 11, № 3. P. 147-158. URL: https://innovations.bmj.com/content/11/3/147 (дата обращения: 22.02.2026). DOI: https://doi.org/10.1136/bmjinnov-2024-001348
7. Как ускорить экспериментальную часть работы по созданию новых наночастиц для терапии онкологических заболеваний // Российская академия наук. 2023. URL: https://new.ras.ru/press-center/kak-uskorit-eksperimentalnuyu-chast-raboty-po-sozdaniyu-novykh-nanochastits-dlya-terapii-onkologiche/ (дата обращения: 22.02.2026).
8. Mittal R., Ho A., Adivikolanu H., et al. Exploring the potential of computer simulation models in drug testing and biomedical research: a systematic review // Frontiers in Pharmacology. 2025. Vol. 16. Art. 1644907. DOI:https://doi.org/10.3389/fphar.2025.1644907. URL: https://www.frontiersin.org/journals/pharmacology/articles/10.3389/fphar.2025.1644907 (дата обращения: 22.02.2026).
9. Тетуев Р.К., Назипова Н.Н. Статистическая модель предсказания сайтов связывания TALEN с ДНК на основе скользящего среднего // Математическая биология и биоинформатика. 2023. Т. 18, № 2. С. 621-645. DOI:https://doi.org/10.17537/2023.18.621. URL: https://www.matbio.org/article.php?journ_id=45&id=557 (дата обращения: 22.02.2026).
10. Gupta G.K., Baig M.H., eds. In Silico Chemistry and Biology: Current and Future Prospects. Berlin: De Gruyter, 2022. 213 p. URL: http://repo.ssau.ru/handle/eBooks/In-Silico-Chemistry-and-Biology-113475 (дата обращения: 22.02.2026).
11. Исследование способов защиты информации от утечки по акустическому и виброакустическому каналам / В. К. Зольников, С. А. Сазонова, А. И. Заревич, С. С. Башун // Моделирование систем и процессов. – 2025. – Т. 18, № 2. – С. 27–40.
12. Моделирование колебательных процессов в пакете MVStudium / А. В. Полуэктов, К. В. Зольников, В. И. Анциферова // Моделирование систем и процессов. – 2021. – Т. 14, № 4. – С. 139–148. – DOIhttps://doi.org/10.12737/2219-0767-2021-14-4-139-148. – EDN PPOUDI.
13. Математическая модель индуктивного делителя напряжения с электронной компенсацией / А. И. Заревич, С. В. Муравьев // Известия Томского политехнического университета. – 2010. – Т. 317, № 4. – С. 129–133.
14. Approximation of the absorption spectrum of indium phosphide in the context of simulation of the process of sensation / Ph. V. Makarenko, V. K. Zolnikov, A. I. Zarevich [et al.] // Russian Microelectronics. – 2024. – Vol. 53, № 4. – P. 329–338. – DOIhttps://doi.org/10.1134/S1063739724040041. DOI: https://doi.org/10.1134/S1063739724600481
